Gabe y Lian están de regreso; sin embargo, esta vez, "La Agencia" ha llevado a Lian y Gabe a juicio por delitos que no cometieron mientras conspiraban en secreto para distribuir Syphon Filter, un virus mortal, entre la población. Y con Gabe y Lian en juicio, no habría nadie para detenerlos...
El juego ahora incluye minimisiones que te permiten mejorar tus habilidades. La minimisión básica simplemente toma un mapa, te deja caer, arroja algunos enemigos y armas y te deja hacer el resto. También hay un elemento multijugador mejorado y toneladas de armas nuevas, incluido un rifle de francotirador de rayos X y una escopeta explosiva.