X-Men: Mutant Academy es un juego de lucha con escenarios tridimensionales, pero que se adhiere en gran medida a las reglas de los luchadores 2D. Los protagonistas son una combinación de los personajes clásicos de los cómics de Marvel y la película X-Men . Casi todos los personajes de X-Men están disponibles, cada uno con sus movimientos normales (al igual que Street Fighter en términos de los botones presionados en el panel de control), y muchos súper movimientos para animar las cosas.
El CD también contiene varios materiales adicionales, que van desde clips de películas de un luchador después de que el jugador ha completado el juego con él / ella, nuevos disfraces (cada luchador comienza con disfraces de los cómics; los nuevos, cuando se desbloquean, son muy parecidos a los los de la película) y una historia de la película que se desbloquea cuando el jugador completa el juego con todos los luchadores.
También se incluye un avance de la película de X-Men y dibujos animados de los diseñadores de Marvel Joe Maduera, Adam y Andy Kubert, y más.