Bionicle Heroes es un juego de acción en tercera persona en el que el jugador asume el papel de varios Lego Bionicle Toa Inika: Jaller, Matoro, Hahli, Kongu, Hewkii y Nuparu. Estos héroes usan máscaras de poder Toa, potenciadores que se pueden encontrar a lo largo de los niveles para obtener diferentes habilidades elementales. También hay botes de Bionicle para ayudar a los protagonistas en su búsqueda para derrotar a Vezon, el séptimo Piraka que había robado la Máscara de la Vida.
El juego se centra en tiroteos contra los "robots" alienígenas llamados Vahki, Visorak y Bohrok. Los jugadores recolectarán piezas de Lego para cada enemigo que derroten y eventualmente habilitarán un Modo Héroe invulnerable para ayudar a derrotar a los enemigos de los Toa.